Процесс сборки отличается в зависимости от маркетплейса. Они отличаются кардинальным образом из-за разной логики маркетплейсов.
Для Wildberries и Ozon коды маркировки передаются в рамках стандартного процесса сборки и комплектации, описанного ниже.
Если у вас есть товары, подлежащие маркировке, то при загрузке этикеток вам будет показываться ошибка - что необходимо передать код маркировки для загрузки этикетки заказа. Поэтому в SelSup так же нужно до получения этикетки заказа, передать код маркировки Честного знака.
Перед тем, как выполнять задание, необходимо настроить признак в SelSup, что товары из заказов подлежат маркировке. Для этого в категории SelSup необходимо проставить признак, что товары категории подлежат маркировке - колонка "Маркируется товары" должна содержать значение да.
В списке категорий выберите категории, подлежащие маркировке, нажмите на название категории.

На открывшейся странице проставьте ТНВЭД (если вы собираетесь создавать карточки в национальном каталоге и получать маркировку Честного знака через SelSup) или значение поля Товары категории подлежат маркировке (оно проставляется автоматически при выборе ТНВЭД, который подлежит маркировке)

Нажмите Сохранить
После этого перейдите в задание по комплектации и включите переключатель "Нужно проверять маркировку или срок годности"

При необходимости печати дополнительной этикетки с кодом маркировки, включите тумблер «Печатать дубликат кода маркировки»

После сканирования товара из категории, подлежащего маркировке, SelSup предложит вам отсканировать код маркировки и привяжет его к заказу

Если при сканировании заказа вы ошиблись и отсканировали неправильный код маркировки для заказа, перейдите в задание по сборке заказов и отсканируйте штрих-код или QR-код заказа и повторите сканирование кодов маркировки Честного знака.

Принципиальное отличие в том, что нельзя загружать этикетки на Яндекс.Маркет до передачи кодов маркировки. Сначала нужно передать маркировку, а затем сразу же заказ перейдет в другой статус и будет доступна этикетка. Если сначала загрузить этикетки, код маркировки передать не получится.
Шаги для сборки заказов для Яндекс.Маркет:
Передача маркировки на товары из разделенного заказа работает только для Ozon. Для других маркетплейсов этот функционал не доступен. Работать с разделенными заказами и маркировкой можно через личные кабинеты маркетплейсов, а по API — только для Ozon.
Подробнее о процессе разделения заказов можно узнать в статье.